Terytorium Japonii wewnątrz
całości powinno się do zlewiska Oceanu Spokojnego, które tworzy gęsta sieć krótkich, górskich rzek z licznymi progami, i co zbytnio
tym idzie wodospadami również bystrzami. W związku z czym z trudem miejscami nadają się one do regularnej żeglugi, przede wszystkim spławu drewna. Nie mniej jakkolwiek ze względu na znaczne spadki wód, owe cieki posiadają znaczny siła
hydroenergetyczny, oraz podobnie znajdują zastosowanie w środku nawadnianiu pól uprawnych. Wiosną w środku czasie topnienia śniegów rzeki na Hokkaido oraz północnym Honsiu dodatkowo pozostałe do wnętrza czasie opadów letnich mają znaczne utensylia
wód, tym samym powodując wielokrotnie
do wnętrza ich dolnych biegach katastrofalne powodzie. Do najdłuższych rzek Kraju Wschodzącego Słońca zaliczają się płynące na wskroś Honsiu: Shinano (367 km) i Tone (322 km), zaś
ponadto najdłuższy wytrysk
Hokkaido – Ishikari (268 km). Natomiast największe, gdyż liczące 16,840 km² dorzecze posiada Tone; od tego czasu Ishikari 14,330 km² również Shinano 11,900 km².
Liczący 497 m Hannoki, który znajduje się wewnątrz
prefekturze Toyama jest najwyższym japońskim wodospadem, atoli jego funkcjonowanie
jest dozwolone dostrzec tylko do wnętrza okresie odkąd
kwietnia do lipca. Drugim najwyższym, i do tego całorocznym jest Shōmyō, którego wody spadają z wysokości 349 m. Nie mniej przecież najsłynniejszym wodospadem tego kraju jest liczący 133 m Nachi w środku prefekturze Wakayama.
Wśród występujących w środku Japonii jezior większość ma urodzenie tektoniczne, kalderowe, lub kraterowe, i w środku mniejszym stopniu lagunowe innymi słowy sztuczne. Największym zbiornikiem wodnym jest położone w środku środkowej części Honsiu tektoniczne jezioro Biwa, którego przestrzeń wynosi 670 km². Ponadto do tej pory trzy zajmują przestrzeń większy od chwili 100 km², natomiast są to: położone na brzask od czasu Tokio, w środku prefekturze Ibaraki Kasumigaura (167.6 km²), Saroma (151.9 km²) na Hokkaido i leżące do wnętrza regionie Tohoku Inawashiro (103.3 km²). Najgłębszymi jeziorami są: położone na północy Honsiu, wewnątrz prefekturze Akita Tazawa (423.4 m), Shikotsu (360.1 m) na Hokkaido, znajdujące się wewnątrz północnym Tohoku Towada (326.8 m) plus Mashu (211.4 m), które ponadto w charakterze Shikotsu leży na drugiej największej japońskiej wyspie. Kolejne czwórka wewnątrz tym Biwa mają głębokość przekraczającą 100 m. Znajdujące się na północ odkąd Tokio, do wnętrza prefekturze Tochigi Chūzenji jest co najwyżej położonym jeziorem w środku Japonii, tj. 1,269 m n.p.m. Następne są położone wewnątrz środkowym Honsiu, w środku prefekturze Nagano jeziora Kizaki (764 m n.p.m.) także Suwa (759 m n.p.m.), i też wspomniane wyżej Inawashiro (514 m n.p.m.). Za sprawą w szczególności dużej aktywności wulkanicznej Kraj Kwitnącej Wiśni obfituje w środku bogate zasoby podziemnych wód, przede wszystkim termalnych, które trwały się przyczynkiem do powstania wielu onsenów, lub japońskich cieplic.