W krajobrazie Japonii dominują góry dodatkowo wyżyny, zajmujące dookoła 90% obszaru kraju, wewnątrz tym 10% to góry wysokie. Wyspy Japońskie stanowią nawodną proporcja potężnego łańcucha górskiego, który wznosi się z artretyzm oceanu na wysokość 12 000 m. W żadnej części kraju niziny stanowiące ok. 10% powierzchni nie są w ten sposób rozległe, ażeby sięgały aż po horyzont.
Najbardziej wysunięta na północ, rozległa plus górzysta, wyspa Hokkaido poprzecinana jest pasmami górskimi Kitami na północy, Hidaka (na południu) dodatkowo Teshio (na zachodzie) przebiegającymi południkowo. W środek wyspy umiejscowiony jest masyw wyżynny z najwyższym szczytem Asahi (2 290 m). Góry Teshio od momentu pozostałych pasm rozdziela niecułka aluwialna rzeki Ishikari – trzeciej najdłuższej rzeki Japonii. Południowo-wschodnie niziny Hokkaido dodatkowo uwolnienie rzeki Ishikari skupiają największą liczbę ludności wyspy z największym miastem – Sapporo.
Cieśnina Tsugaru oddziela Hokkaido od momentu największej górzystej wyspy archipelagu – Honsiu, zajmującej 61% powierzchni kraju. Biegnący wzdłuż wschodniego wybrzeża wyspy plecy Kitakami jest kontynuacją południowych gór Hokkaido. W prefekturze Akita znajduje się najniżej umiejscowiony ustęp Japonii, kryptodepresja jeziora Hachirogata (4 m p.p.m.). W centralnej części Honsiu znajdują się Alpy Japońskie, których kulminacją jest zlokalizowany na południowym wschodzie wulkan Fudżi (3 776 m) – wspaniały zenit Japonii. Na wschód słońca od momentu Fudżi rozciąga się równina Kanto o powierzchni ok. 13 000 km² – największy japoński przestrzeń nizinny. W jego południowej części ponad Zatoką Tokijską leży stolica kraju – Tokio.
Na zmrok od momentu Alp Japońskich znajduje się niewielka nizina Nobi, przylegająca do zatoki Ise, na której północnym brzegu leży Nagoja. Na zmrok od chwili niziny Nobi położone jest największe japońskie jezioro Biwa (675 km²). Po zachodniej stronie półwyspu Kii leży trzecie wobec względem wielkości miasto Japonii – Osaka, powyżej zatoką o tej samej nazwie. Zachodnią odsetek wyspy Honsiu zajmują niewysokie góry Chugoku do których przylega, zawężona nizina przybrzeżna, na której leży Hiroshima. Na południu Wewnętrzne Morze Japońskie oddziela Honsiu od chwili kolejnej wyspy archipelagu – Sikoku. Ta górzysta teren ma przede wszystkim styl rolniczy.
Na południowym zachodzie kraju leży Kiusiu, oddzielona odkąd Honsiu wąską cieśniną Shimonoseki, natomiast od chwili Sikoku cieśniną Bungo. Jest to wyspa górzysta, zaś główne jej pas górskie Kiusiu o przebiegu południkowym, wznosi się więcej niż 1 500 m n.p.m. Południowe kropka nad i Wysp Japońskich stanowi długa na 1 000 km wieniec wysp Nansei. Do Japonii należą też dubel grupy wysp: Ogasawara położone na Pacyfiku, ok. 1930 km na godzina dwunasta odkąd Tokio i położone bliżej Izu.