Duża rozmiar południkowa sprawia, że Kraj Kwitnącej Wiśni leży w środku zasięgu trzech stref klimatycznych: na południu – zwrotnikowej, do wnętrza części środkowej – podzwrotnikowej, tudzież na północy – umiarkowanej ciepłej. Na strefowość klimatyczną nakłada się specyfika monsunowy, którego zasięg obejmuje wyspy również kształtuje nadmorski styl klimatu kraju. Poza wyspami Nansei i południową częścią Kiusiu w środku Japonii stanowczo zaznaczają się kwartet pory roku. Napływ chłodnych mas powietrza z kontynentu azjatyckiego do wnętrza zimie dodatkowo ciepłych mas znad Pacyfiku wewnątrz lecie jest przyczyną znacznego zróżnicowania klimatu w środku poszczególnych częściach archipelagu. Przynoszone wskroś północno-zachodni muson zimowy suche również chłodne syberyjskie masy powietrza ponad Morzem Japońskim ulegają ociepleniu również nasyceniu wilgocią, wewnątrz wyniku czego przynoszą opady wzdłuż całego wybrzeża zachodniego. Na Hokkaido wolno się spodziewać odkąd -4 do -15°C, na Honsiu odkąd -5 do +6°C, dookoła +6 do +10°C na Kiusiu i +14 do +19°C na w największym stopniu wysuniętych na godzina dwunasta wyspach Nansei. W okresie zimowym na północy również zachodzie Japonii plus w środku rejonach górskich występują ogromnie obfite opady śniegu, i wody Morza Ochockiego pokrywają się lodem. W tym czasie południowe stok Oceanu Spokojnego ma pogodę suchą dodatkowo słoneczną. W okresie zimy łagodząco na egzotyka wysp południowych wpływa serdeczny Prąd Kuro Siwo oraz jego gałąź wchodzące na Morze Japońskie – Prąd Cuszimski. Dzięki wpływom tego prądu włościanie na Kiusiu mogą wewnątrz zimie praktykować zboża.
Pod krańcowość marca, podczas gdy słabnie płaskowyż azjatycki, trend wiatru ulega zmianie oraz powyżej Japonię zaczyna spływać wilgotne oraz ciepłe powietrze znad Pacyfiku. Powoduje to wyraźne zróżnicowanie warunków klimatycznych północy również południa kraju. Cały przestrzeń kraju, pozycja Hokkaido, znajduje się w takim razie w środku zasięgu wyżu ochockiego. Od początku kwietnia na południowym Honsiu do połowy maja na Hokkaido trwa stereotypowy trudne dni kwitnienia wiśni. Na przełomie czerwca oraz lipca kształtuje się na północy kraju stacjonarny wyżyna z bezwietrzną pogodą, wysoką wilgotnością powietrza plus ulewnymi opadami zwanymi "śliwkowymi" deszczami. Z chwilą odsunięcia się ochockich mas na północ, kraj wschodzącego słońca wchodzi wewnątrz zasięg oddziaływania pacyficznych mas powietrza, rozpoczyna się gorące dodatkowo wilgotne lato, z dużą ilością mgieł do wnętrza południowo-wschodniej części kraju, w tym miejscu gdzie stykają się wody prądów zimnego Oja Siwo dodatkowo ciepłego Kuro Siwo. Latem, jak wieje serdeczny także zwilgotniały muson z południowego wschodu, amplitudy temperatur stają się mniejsze, od czasu +29°C na południu do +17°C na północy. W górach bez względu od czasu pory roku, wysoka temperatura spada społem z wysokością, przeciętnie o 0,6°C co 100 m. Średnia liczebność opadów wzrasta z północy na godzina dwunasta także wynosi odkąd 800-1500 mm na Hokkaido do 2000-3000 mm na wyspach Nansei.
Jesienią, podczas gdy znowu zmienia się krążenie Wyspy Japońskie nawiedzają tajfuny (ok. 20 rocznie). Powstające powyżej wodami Oceanu Spokojnego cyklony tropikalne, wywołują ogromne zniszczenia, i towarzyszące im obfite opady są przyczyną licznych powodzi.