Lasy pokrywają z okładem 60% powierzchni kraju. W kilku miejscach jest to wegetacja pierwotna. W całej Japonii rosną lasy bambusowe dostarczające drewna również pożywienia (korzenie są jadalne). Podobnie do wnętrza całym kraju rosną drzewa wiśni sakura również śliwy, których wiosenne kwitnienie przyciąga rzesze ludzi na tradycyjne hanami. Z uwagi na zasięg południkową na obszarze Japonii jest dozwolone wyróżnić strefy roślinne. Jednocześnie wewnątrz górach zaznacza się piętrowy uporządkowanie roślinności. Najdalej na południe, do wnętrza pobliżu równika, na wyspach Nansei, Ogasawara, Kazan rosną wilgotne lasy równikowe z drzewiastymi paprociami, drzewem kamforowym, palmami plus morwami. Na południu kraju, na obszarze o średniej rocznej temperaturze powietrza 13-21°C (Kiusiu, Sikoku), występują zawżdy zielsko lasy podzwrotnikowe, do wnętrza których rosną 2000-letnie cedry japońskie, dęby shii oraz kashi, jodły momi dodatkowo sosny japońskie. Na Kiusiu lasy podzwrotnikowe rosną do wysokości 1000 m.
Lasy mieszane, z przewagą liściastych, rosną na terenach, gdzie średnia roczna gorączka powietrza wynosi 6-13°C, oraz w takim przypadku na Kiusiu do góry 1000 m, w środku środkowej części Honsiu pośród 1500, i 2700 m, tudzież wewnątrz części północnej na wysokości 1400 m, na Hokkaido lasy mieszane sięgają do 700 m. W lasach tych rosną buki, brzozy, dęby w środku tym białe, kasztany karłowate, magnolie również różne gatunki klonów. Na obszarach ze średnią temperaturą powietrza pod 6°C rosną subarktyczne lasy mieszane to znaczy iglaste, ze świerkiem syberyjskim, świerkiem yesso, jodłą sakhalan, jodłą syberyjską plus jodłą niebieską. Ponad piętrem lasów występują sosna karłowata, krzewy plus wegetacja alpejska. Azalie, hortensje oraz irysy kwitną wiosną, natomiast chryzantemy jesienią, wtedy również czerwienieją klony.