Wiele zwierząt spotykanych na Honsiu, Sikoku oraz Kiusiu spotyka się w środku innych rejonach o umiarkowanym klimacie na półkuli północnej. Należą do nich niedźwiedzie brunatne, łasice, dziki, zające, sarny, jelenie wschodnie również ptaki, takie w charakterze bażanty, jastrzębie, kaczki oraz żurawie. Występuje w tej okolicy też wiele gatunków płazów również gadów, natomiast wśród nich żółwie, jaszczurki, węże – z gatunkami jadowitymi habu dodatkowo mamushi. Do unikatowych powinno się salamandra olbrzymia żyjąca na Honsiu także Kiusiu, osiągająca 1,5 m długości. Innymi specyficznym przedstawicielem japońskiej fauny jest makak japoński. Żyjące wewnątrz górnych partiach ośnieżonego Tōhoku, przystosowane do panujących w tym miejscu warunków makaki są nie później niż na północ żyjącym gatunkiem małp. Do endemitów należą podobnie kot z Iriomote dodatkowo zając amami
Wśród zwierząt na subarktycznym Hokkaido spotyka się sobole także czerwone lisy dodatkowo wspomniane niedźwiedzie brunatne. Tutejsze niedźwiedzie są w pewnej mierze podwójnie większe od chwili swoich znacznie łagodniejszych kuzynów z Honsiu. Na wyspach sezonowo pojawia się wiele owadów, takich jak: komary, karaluchy oraz robaczki świętojańskie. W Japonii występuje 150 gatunków ptaków śpiewających. Na większości wybrzeża panują albatrosy oraz kormorany. Na świtanie od czasu przylądka Inubo znajdują się bogate łowiska dorsza, łososia dodatkowo licznych skorupiaków. Popularnym gatunkiem hodowlanym japońskiej ichtiofauny jest karp koi. Częste polowania oraz eliminacja naturalnych siedlisk z powodu urbanizacji powodują stałe zmniejszanie się liczby zwierząt oraz ptaków. Ochrona wprowadzona na wskroś Ministerstwo Środowiska do wnętrza latach 80 obejmuje 136 zagrożonych gatunków.